L’archivio è composto da un nucleo documentario che abbraccia l’arco cronologico compreso tra il 1490 ed il 1960. Esso comprende 2110 unità archivistiche custodite in credenze lignee indicate dalle lettere A-M che fin dai tempi più antichi i confratelli destinarono a tale scopo e alle quali si aggiunse in epoca più recente l’armadio N, per il naturale incremento della documentazione. Le carte, testimoni del processo evolutivo della Confraternita nel corso dei secoli, ne tratteggiano una fervida attività istituzionale e sociale, la prima delle quali non solo ne rifletteva la fisionomia ma era pure finalizzata al miglior espletamento delle proprie funzioni, ritoccandosi di volta in volta quando necessario. La sua presenza sociale era rappresentata innanzitutto dal conforto dei condannati a morte, cui si affiancarono successivamente, grazie agli innumerevoli benefattori, il servizio caritatevole delle dotazioni monastiche e matrimoniali e la promozione dell’istruzione scolastica espressa dall’istituto del Collegio Bandinelli.

Sono stati digitalizzati, per motivi conservativi, i documenti di seguito elencati: Statuti (1518, 1581); Convenzione con Giorgio Vasari per affrescare la pala dell’Altare maggiore della Chiesa (1551); “Rubricella generale de giornali della Venerabile Arciconfraternita di S. Giovanni Decollato dall’anno 1499 all’anno [1870]” (sec. XVIII); “Libro delle Piante delle Case” (1618); Manuale del Confortatore di Pompeo Serni (1659); “Victruvio. De Architectura” (sec. XVI).

L’Archivio storico conserva, inoltre, la copia digitalizzata della parte del fondo versato nell’Archivio di Stato di Roma nel 1891, quale: Libri e Giornali del Provveditore (1497-1870); Testamenti (1497-1582; 1841-1870); Fascicoli Personali (1525- 1870); Corrispondenza (1525-1868); Repertorio dei Giustiziati (1499-1870).