Arte e meditazione spirituale – Si sviluppa in un’unica navata con arco trionfale e transetto di separazione tra chiesa e navata stessa e tre altari per lato. In controfacciata è presente un organo con balaustra lignea del 1700; entrando, in alto a sinistra, è presente una “Predica di San Giovanni” di Giovanni Balducci detto il Cosci, cui corrispondeva di fronte “Il Battesimo di Cristo”, attribuito a Monanno Monanni e spostato negli uffici dell’Arciconfraternita al momento dell’apertura della finestra semilunata sul lato di destra.
La decorazione della chiesa era costituita, in origine, esclusivamente da grottesche in stucco e dallo splendido soffitto cassettonato con motivi della croce e del giglio fiorentino; al centro la testa del Decollato. La decorazione in pregiati marmi oniciati, stucco e dorature del presbiterio è del 1700. Nel 1756 i confratelli decisero di rivestire il pavimento, in pietra incrostata, con marmi policromi.
Sul lato di destra e di sinistra della navata sono presenti i tre altari sormontati da arcate; sugli altari opere di vari autori chiamati da Giorgio Vasari.
A partire da destra: “Nascita del Battista” di Jacopo Zucchi(1585), sopra in alto ai due lati S. Filippo e S. Tommaso; “Incredulità di San Tommaso” della Scuola del Salviati, sopra in alto ai due lati S. Bartolomeo e S. Giuda Taddeo; “Visitazione” di Cristoforo Roncalli detto Il Pomarancio (1590), sopra in alto ai due lati S. Simone e S. Matteo.
A partire da sinistra: “Trittico in scultura e pittura” costituito da pala d’altare con Maria e San Giovanni (di ignoto autore) e al centro un Crocifisso ligneo, di ignoto autore (1800), che ha probabilmente sostituito uno più antico andato perduto, sopra in alto ai due lati S. Pietro e S. Andrea; “San Giovanni Evangelista nella caldaia di olio bollente” di Giovanni Battista Naldini (1580), sopra in alto ai due lati S. Giacomo Maggiore e […]; “Madonna della Misericordia che allatta il bambino” altare del soccorso, probabilmente Scuola di Pietro Cavallini (1300), proveniente dalla chiesa di S. Maria della Fossa, sopra in alto ai due lati S. Giovanni Evangelista e S. Giacomo Minore.
Nel presbiterio la pala d’altare di Giorgio Vasari “La Decollazione del Battista” entro due splendide colonne di marmo breccia verde. Ai due lati del presbiterio, a destra, la “Decollazione del Battista” di un Anonimo Michelangiolesco (1590) e “La resurrezione di Lazzaro” di Giovanni Balducci detto il Cosci (1590).
Entrambe le tele erano sui due altari del chiostro. A sinistra dell’altare, la pietra tombale con botola per la sepoltura dei confratelli dell’Arciconfraternita.