La costruzione dell’oratorio, che sarà incluso nel corpo di fabbrica della chiesa e del chiostro in modo da formare un unico complesso architettonico,  cominciò intorno al 1530 e si concluse orientativamente intorno al 1553. La decorazione pittorica è una narrazione continua degli episodi salienti della vita di San Giovanni  e prende l’avvio dall’affresco del pittore fiorentino Jacopino del Conte con “L’Annuncio a Zaccaria” (parete destra). Dello stesso artista sono la “Predicazione del Battista” (1538), “Il Battesimo di Gesù” (1541) (entrambi in controfacciata) e la splendida “Deposizione”, dipinta sull’altare nel 1550 e considerata una delle sue opere migliori per il cromatismo e la carica emotiva. 

Altro protagonista della decorazione pittorica fu il pittore fiorentino Francesco Rossi detto il Salviati, che dipinse sulla parete destra “La Visitazione” (1538) in contemporanea con Jacopino, “La nascita di  San Giovanni”  (1551) e ai lati dell’altare i due apostoli Sant’Andrea e San Bartolomeo (1550), splendido esempio di  omaggio alla maniera di Michelangelo e al colore di Tiziano. Sulla parete di sinistra, da notare non in sequenza cronologica degli eventi, “L’arresto del Battista” del pittore veneto Battista Franco (1541), “La Danza di Salomè” del napoletano Pirro Ligorio (1540) e infine  “La decollazione di Giovanni Battista”, probabilmente eseguita in parte dal Salviati ma ultimata dagli allievi della sua Scuola.

Da notare, infine, in controfacciata la pregevole statua in gesso di “San Giovanni in predicazione” (copia di originale conservata presso la Galleria Palatina di Firenze), con cartiglio sottostante esplicativo in latino “Vox clamantis in deserto, parate viam domini” (“Voce di colui che declama nel deserto preparate la via al Signore”); sulla parte di destra la bellissima finta di finestra di Salviati sormontata  da festoni costituiti da fiori e frutti  tra i quali alcuni provenienti dal Nuovo Mondo, appena scoperto.