La Compagnia di San Giovanni Decollato di Roma, poi Arciconfraternita, nacque l’8 maggio 1488 per volontà di alcuni fiorentini residenti a Roma che mossero sentimenti di pietà nei confronti dei condannati a morte.

Memori dell’esperienza della Compagnia di S. Maria della Croce al Tempio, nata a Firenze nel 1355 e dalla quale si sarebbero distinti nel 1424 i Battuti Neri con le medesime finalità, riproposero il sostegno ai condannati a morte introducendo per la prima volta a Roma il concetto di morte confortata, poiché solo con la preghiera gli uomini potevano redimersi dal peccato e riconciliarsi a Dio.

I confratelli incaricati a questo oneroso ufficio assunsero il nome di confortatori. I confortatori si occupavano infine della composizione delle salme e della loro sepoltura che, a partire dal 1600 avvenne nei sotterranei del chiostro, fatto costruire per volontà di papa Clemente VIII.

L’autorità pontificia comprese subito l’importanza del ruolo assunto dalla Compagnia di San Giovanni Decollato tanto che papa Innocenzo VIII ne approvò ufficialmente l’istituzione nel 1490 e le concesse la chiesa di Santa Maria della Fossa ai piedi del Campidoglio perché potessero adempiere ai propri uffici. Più tardi, nel  1540 papa Paolo III le accordò la possibilità di liberare un condannato a morte all’anno in occasione della festa del Santo Patrono, il 24 giugno, secondo modalità chiarite e precisate dalle norme statutarie.

Un ulteriore strumento offerto dalle concessioni pontificie fu la possibilità di aggregare compagnie analoghe per finalità e disseminate un po’ ovunque. Ciò le permise di diffondere il concetto di pietas verso i condannati a morte; l’impegno assolutamente volontario dimostrò con quanta purezza d’animo i confratelli si adoperassero senza pretendere o aspettarsi alcun vantaggio personale.

La sua ramificazione rapida e capillare provò quanto il progetto di solidarietà umana fosse un sentimento diffuso e soprattutto senza limiti territoriali, tanto da varcare i confini dello Stato Pontificio.

Tra i pazienti (tali erano definiti)  più celebri si ricordi Giordano Bruno, accusato di eresia e portato al rogo a Campo dei Fiori nel 1600.